北京协和医学院重点学科分布状况如下：

一级学科国家重点学科（2个）

生物学、药学

二级学科国家重点学科（8个）

免疫学、病理学与病理生理学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学、妇产科学、肿瘤学、麻醉学、内科学

三级学科国家重点学科（2个）

外科学（胸心外）、外科学（骨外）

国家重点（培育）学科（1个）

外科学（普外）

国家中医药管理局重点学科（1个）

药用植物学

北京市高精尖学科（1个）

群医学

一级学科北京市重点学科（4个）

基础医学、临床医学、护理学、生物医学工程

二级学科北京市重点学科（3个）

神经病学、眼科学、流行病与卫生统计学

交叉学科北京市重点学科（1个）

转化医学201005

三级学科北京市重点学科（1个）

外科学（普外）